Nació el 28 de mayo de 1.453, en Puebla de Alcocer (Badajoz) se llamaba Gutierre II de Sotomayor, hijo de Don Alfonso de Sotomayor (II Señor de Belalcázar, Hinojosa y la Puebla) y de Doña Elvira de Zúñiga.

Cuentan los cronistas que un día, cuando Gutierre se encontraba de cacería en tierras extremeñas, tuvo una visión en la que tras deslumbrantes relámpagos, y fuertes truenos, se oyó una voz que le dijo:" El que no renuncia a las cosas que posee, no puede ser mi discípulo". Decidió renunciar a sus riquezas y dedicarse por completo a la humildad de la vida religiosa. Ingresa como Jerónimo en el Monasterio de Guadalupe de Cáceres. En este monasterio no encontró la pobreza que buscaba y quiso dejar la comunidad Jerónima, para cambiarla por la orden de frailes menores.

Decidió marcharse a Italia, hizo el viaje con Fray Antonio de Santa María, en 1.479. Este mismo año llegaron a Roma, donde solicitó audiencia y fue recibido por Sixto IV. Fray Juan contó su vida al Pontífice y su deseo de ingresar en la Orden Franciscana. El Papa lo remitió al convento de N.P. San Francisco en Roma, para ponerlo a prueba, sirviendo a los demás religiosos. Tras informes muy favorables de toda la comunidad, Sixto IV decidió darle el hábito de San Francisco y también a su compañero Fray Antonio. Fue tan ejemplar su vida, que en Italia llegaron a conocerle con el sobrenombre de El gran Español.

Anduvo Fray Juan por varios conventos italianos, pero donde con más rigor observó la Regla Seráfica fue en el convento de Las Cárceles, en la Umbría Italiana. Ingresó en 1.480 y allí vivió dando ejemplo de pobreza, humildad y comprensión. Pasó mas tarde al convento de san Bartolomé, donde se enteró de la muerte de su madre, Doña, Elvira de Zúñiga (1.483), y de su hermano el Conde Don Gutierre III, en el asalto a Casarabonela (1.484), luchando contra los musulmanes, al servicio de los Reyes Católicos. Sus familiares decidieron que Fray Juan regresara de Italia para dedicarse a la educación y cuidado de su sobrino Alonso II de Sotomayor, que tan sólo contaba dos años de edad. Inocencio VIII, a petición de los Sotomayor-Zuñiga, despachó breve apostólico mandando a Fray Juan a Belalcázar. Pero Fray Juan siempre quiso fundar una Custodia en España, donde se diesen con regular observancia las Reglas de la Religión Seráfica, un tanto decaídas en aquélla época. Obtuvo bula de Inocencio VIII para edificar unos conventos con el título de Custodia de Los Ángeles. Por otra parte, la condesa Doña Teresa Enríquez, cuñada de Fray Juan, obtuvo del mismo Pontífice permiso para. que se desplazasen desde Italia tres religiosos franciscanos, con cuya ayuda y consejo se fundase dicha Custodia.

Fue tan grande la popularidad alcanzada por Fray Juan que la reina Isabel la Católica le brindo ser arzobispo de Toledo, pero él prefirió seguir en la humildad de su Custodia.

El día 11 de mayo de 1.495 murió, fue enterrado en una capilla del convento de los Cinco Mártires de Marruecos, de Belalcázar. Años más tarde se abrió la fosa y se decidió hacer el reparto de reliquias. La cabeza fue dada al convento de Santa María de los Ángeles (Hornachuelos). Al monasterio de Guadalupe se le concedió un dedo y parte del hábito. Santa Clara de la columna recibió la túnica, por ruego de sus religiosas. El resto quedo en Los Cinco Mártires de Marruecos. Pero cuando este último convento perdió el culto, los restos del Venerable Padre pasaron al monasterio de Santa Clara de la Columna, donde actualmente reposan, junto con los restos de sus resobrinos Fray Luis de la Cruz y Fray Antonio de la Cruz, en una arqueta forrada en su interior con raso de flores y por el exterior con terciopelo carmesí, esta arqueta fue construida en 1.674 por mandato del duque de Béjar También en otras arquetas junto a la arqueta del Venerable Fray Juan de la Puebla reposan los restos de Don Alfonso de Sotomayor y Doña Elvira de Zúñiga padres de Fray Juan, sus hermanas fundadoras del convento y algunos miembros de la familia condal.